理学即程颢、程颐的道学。“二程”传杨时，杨时传李侗，李侗再传朱熹。朱熹系统整理为“理一元论”，所以称“朱子理学”。朱熹身体力行，积极从事理学的学术研究和讲学活动。他和他的学生在福州地区曾办过许多的理学书院。有案可稽的有：福州紫阳讲堂、福州东野竹林书院、福州贤场书院、福州高峰书院、福州濂江书院、福州龙津书院、长乐龙峰书院、罗源文公书院、闽县吟翠书院、连江丹阳书院、闽清梅溪书院等。

福州紫阳讲堂在今晋安区王庄街道的紫阳村大桥自然村。朱熹曾称“紫阳先生”，为纪念朱熹在该地办学，称该地为“紫阳”。紫阳村现在保留一座古建筑，称“讲堂胜境”，地名“讲堂前”。据说是宋代朱熹讲学的地方，规模不大。黄榦生于离学堂不远的浦下村，乾道二年（1166年）父殁，黄榦14岁，经刘清之介绍，受业于朱熹门下。后朱熹遂以其女朱兑妻榦。淳熙十年（1183）年，朱熹到福州，受赵汝愚礼遇后，特地到浦下黄榦家里见他的女儿，写了著名的《葱汤麦饭》诗：“葱汤麦饭两相宜，葱补丹田麦疗饥。莫谓此中滋味薄，前村还有未炊时。”附近鹤林村有“凤丘”、“鹤林”的朱熹题刻。

福州东野竹林书院在今晋安区的竹屿村，为黄榦所建，原称“竹林精舍”，后改为书院，可能是为区别建阳朱熹“竹林书院”的缘故，特称“东野竹林书院”，有朱熹题额。王铁藩先生说，南宋时期理学家朱熹在此讲学。也有人说为朱熹所创办。

福州贤场书院在今晋安区北峰岭头乡的前洋村。“前洋”是“贤场”的谐音而来。朱熹在北峰有诗《题莲花峰》两首：“群峰相接连，断处秋云起。云起山更深，咫尺愁千里。”“流云绕空山，绝壁上苍翠。应有采芝人，相期烟雨外。”

福州高峰书院在今晋安区北峰岭头乡石牌村，为朱熹门人黄榦创办，时间在“庆元党禁”后，黄榦“丁母忧，学者从之讲学于墓庐甚”。江南竹庖羲谷墓地，据说是朱熹亲自为其定穴的。当时“党禁”严重，黄榦避迹于山村守墓，因此办高峰书院。后书院圮，近年已重建，在原址发现许多宋代遗物。

福州濂江书院在今仓山区林浦村，有朱熹题“文明气象”。附近城门有朱熹题刻《岩屏》诗，诗曰：“青碧晋奇胜，登高四望平。天光笼雾障，佳气列云屏。结屋宁楼鹤，纹苔却照萤。藏书多乐事，奕叶踵芳声。”城山郑湜为朱熹的挚友。朱熹曾避迹其家中。