黄钟瑛率舰起义后，又为辛亥革命做了几件事：

第一，参与赴江西安庆平乱。辛亥革命时期。江西军阀黄焕章乘机率部在安庆骚乱，大肆抢掠。黄钟瑛奉命率“海筹傀载九江司令李烈钧与部队赴安庆平乱。李烈钧率兵登岸后，黄钟瑛留在舰上镇守江面。为严密肪范，黄钟瑛几个昼夜没有歇息，由于水陆配合作战，安庆之乱得到了平息。

第二，赴大通(安徽铜陵)安抚军民。当时，安徽虽然宣告独立，但都督不孚众望，且已出走。黄钟瑛则率“海筹”等舰东下支援安徽，去大通安抚军民。

第三，率舰攻打南京。安做稳定后，黄钟瑛又率第一舰队进攻南京张勋所率清军。张勋所部怵于舰炮威力，仓皇北渡，南京即于十月二日(12.2)光复。

第四，率舰趴溯江北上，支援武昌革命政权。宣统三年(19l1)九月十一日，清军攻入汉口。十月八日(1月27日)，汉阳又失守，武昌危如累卵。黄钟瑛得黎元洪电：“汉阳旦暮受敌，且陷，急于赴援”。钟瑛即率舰队溯江北上，到青山下锚，观察汉口北军行动。次日，又得黎元洪命令；毁掉清北军南下必经的第一、第二两道铁桥等。钟瑛将命令通告全军，井指定由。“海容”、“海筹”、“海琛”三舰每日轮流前往轰击。由于舰队的援助，局势得到了稳定。随后，黄钟瑛率“海容”、“海筹”、“海琛”等舰东下，在高昌庙下锚，以便进坞修整，听候北伐命令。

不久，停战议起，各舰代表在上海选举程壁光为总司令，黄钟瑛为副司令。因壁光在英国未人物春秋回，钟瑛任代总司令。

1911年11月15日，孙中山任命黄钟瑛为海军总长。