民国元年(1912年)1月1日，南京国民政府成立，孙中山先生就任临时大总统，任命黄钟瑛为海军总长兼海军总司令。当时，南北各派代表正在上海议和。黄钟瑛认为袁世凯诡计多端，和议前途未可乐观，就派出汤芗铭为司令，率领“海容”、“海筹”、“海琛”、“南琛”四舰组成的北伐舰队，北上支持和发展革命力量。北伐舰队由南京出发，经上海向烟台航行。当北伐舰队到烟台时，烟台已经宣布光复．推驻舰“舞风”舰长王传炯任都督。“舞风”是交通舰，没有战斗力，北伐舰队到烟台，壮大其革命力量和声势．还同革命军光复了登州及沿海各地。嗣后，北伐舰队停泊烟台，直到南北和议告成。

南京政府成立后．黄钟瑛决心整顿海军，成立随营宣讲团，编辑出版《军中白话宣讲书》。

1月5日，孙中山召开首次国务会议，海军总长黄钟瑛出席。南北统一后，孙中山辞去临时大总统职，袁世凯任大总统，黄钟瑛不为其所拉拢，也随孙中山之后自请解职，并举刘冠雄任海军总长，汤芗铭仍为次长。经政府和刘冠雄的一再挽留，黄钟瑛只解去总长职，仍留任海总司令，以维持大局。此时黄钟瑛仍致力于海军整顿。

1912年10月28日，黄钟瑛因操劳过度，突然血吐满盆，便请假就医。11月，他被授海军中将衔.12月4日因医治无效逝世．终年43岁。12月28日，孙中山到上海参加黄钟瑛追悼会并发表演说。孙中山的挽联是：“尽力民国最多，缔造艰难，回首恩南都俦侣；屈指将才有几，老成凋谢，伤心问东亚海权。”对黄钟瑛一生给以很高评价。

黄钟瑛去世后，按照海军上将例优恤，灵柩于1913年1月12日由军舰送回福州，19日在福州孔庙明伦堂召开追悼会，全军下半旗哀悼，国内各界知名人士送来许多祭文和挽幛。9月4日，黄钟瑛的灵柩葬于福卅西门外梅亭天财山他父母的坟旁。